液體樣品
液體樣品比較容易獲得，液態(tài)食品一般盛放在大罐中，取樣時(shí)可連續(xù)或間歇攪拌。對(duì)于較小的容器，可在取樣前將液體上下顛倒，使其混勻。取得的樣品應(yīng)放在已滅菌的容器中送往實(shí)驗(yàn)室，實(shí)驗(yàn)室在取樣檢測(cè)之前應(yīng)當(dāng)把液體再混勻一次。
固體樣品
固態(tài)樣品常用的取樣工具有解剖刀、勺子、軟木鉆、鋸、鉗子等，使用前均須滅菌。如奶粉等已經(jīng)混勻的食品，其成分質(zhì)量均勻穩(wěn)定，可以抽取少量樣品檢測(cè)；散裝樣品要從多個(gè)點(diǎn)取樣，且每個(gè)點(diǎn)都要單獨(dú)處理，在檢測(cè)前要混勻；肉類(lèi)、魚(yú)類(lèi)或類(lèi)似食品既要在表皮取樣，又要在深層取樣，深層取樣時(shí)要小心不要被表面污染。
水樣
取水樣時(shí)，用帶有防塵磨口瓶塞的廣口瓶。
如果樣品時(shí)從水龍頭上取得，龍頭嘴的里外都應(yīng)擦干凈。打開(kāi)水龍頭讓水流幾分鐘，關(guān)上水龍頭并用酒精燈灼燒，再次打開(kāi)水龍頭讓水流1-2min后再接樣并裝滿(mǎn)取樣瓶。如果檢測(cè)的目的是用于追蹤微生物的污染源建議還應(yīng)在水龍頭滅菌前取樣會(huì)在龍頭的里外用棉拭子涂抹取樣，以檢測(cè)水龍頭自身污染的可能性。
從水庫(kù)、河流、井水等取水樣時(shí)，用無(wú)菌的器械或工具拿取瓶子和打開(kāi)瓶塞，在流動(dòng)水中取樣品是瓶嘴應(yīng)直接對(duì)著水流。
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